在堅若磐石的團隊合作下解決重重疑案的警視廳搜查一課9系解散了，成員被分散到了不同的地方。經過了一年的空白期，神田川警視總監（裏見浩太朗飾）下令組建一支從初步調查到檢查工作都全權負責不被束縛的獨立小組——“特別調查組”。

9系曾經的成員淺輪直樹（井之原快彥飾）等刑警重新集結到了一起，在新班長宗方朔太郎（寺尾聰飾）帶領下，繼續調查疑難案件。